El presente trabajo se centra en el análisis de la relación existente entre el Clima Institucional y el abordaje de conflictos emergentes en las instituciones escolares desde las percepciones que tienen los estudiantes del último año de las escuelas secundarias de la Provincia de Misiones, a partir de la información brindada por el Operativo Aprender correspondiente al año 2019. El estudio es de tipo cuantitativo, descriptivo y de corte transversal y tiene como objetivo analizar la relación existente entre ambos constructos. A partir de los datos relevados, el clima institucional preponderante en las instituciones educativas de la provincia es bueno. Los aspectos destacados dentro de este constructo, son los vinculados al sentido de pertenencia a la institución así como también al vínculo establecido con los docentes. La investigación permitió una aproximación a las situaciones conflictivas percibidas con mayor frecuencia. Por otro lado en relación al nivel de conflictividad, los estudiantes manifiestan un nivel de conflictividad bajo en el ámbito escolar y en general perciben un clima institucional bueno. Se han identificado las estrategias más frecuentes de resolución de situaciones conflictivas. Las más utilizadas en las escuelas de Misiones refieren al tratamiento con todos los involucrados y con sanciones. Los hallazgos se consideran de utilidad para docentes y directivos de las instituciones educativas, ya que permite conocer los aspectos concernientes al clima institucional así como también a los conflictos emergentes en el ámbito escolar a fin de tomar decisiones de gestión efectiva que promuevan la convivencia escolar.